In de herfst van 1944 en het begin van de winter van 1945 werd het steeds duidelijker dat het einde van het Derde Rijk nabij was. Het Rode Leger rukte steeds verder op aan het Oostfront en spoedig zouden ze de vernietigingskampen in Polen ontdekken. Hoewel de geallieerden al geruime tijd op de hoogte waren van de massale uitroeiing van Joden, deden de Duitsers verwoede pogingen om de sporen van massavernietiging uit te wissen. In november 1944 gaf Himmler bijvoorbeeld de opdracht om alle faciliteiten voor massamoord in Auschwitz te ontmantelen en in januari gaf hij het bevel om alle gevangenen in Auschwitz en omliggende kampen te evacueren naar kampen in Duitsland. Grote aantallen gevangenen werden met veel geweld onder erbarmelijke omstandigheden te voet naar Duitsland gestuurd onder begeleiding van kampbewakers. Tijdens deze zogenaamde dodenmarsen kwamen grote aantallen gevangenen om door uitputting, honger, ziekte, mishandeling of moord. Op 27 januari werd Auschwitz door Sovjet-troepen bevrijd. In het kamp troffen ze tussen 7.650 nog levende gevangenen aan, maar van hun bewakers en medegevangenen was geen spoor meer.
Terwijl steeds meer kampen in het oosten ontruimd werden en vele gevangenen omkwamen tijdens de dodenmarsen deed Himmler pogingen om in contact te komen met de westelijke geallieerden. Door de vrijlating van grote aantallen concentratiekampgevangenen trachtte hij tot vredesonderhandelingen te komen. Zo sprak hij enkele malen met de gevolmachtigde van het Zweedse Rode Kruis, graaf Folke Bernadotte, over de vrijlating van Deense en Noorse gevangenen en correspondeerde hij in het geheim met de Zweede vertegenwoordiger van het World Jewish Congress over eenzelfde onderwerp. Het doel van Himmler was om door middel van deze onderhandelingen geaccepteerd te worden door de westelijke geallieerden als vredesbemiddelaar en opvolger van Hitler. Himmler kreeg de geallieerde opperbevelhebber, Dwight Eisenhower, echter niet te spreken en toen Hitler hoorde van de onderhandelingspogingen van zijn ‘Treue Heinrich’ kon hij zijn rol als opvolger van de Führer definitief vergeten. Hitler, die op dat moment verbleef in een bunker onder de Reichskanzlei in Berlijn, zag de onderhandelingspogingen van één van zijn trouwste medewerkers als groot verraad. Niet Himmler, maar Großadmiral Karl Dönitz werd door Hitler benoemd tot zijn opvolger. Op 6 mei werd Himmler door Dönitz ontheven uit al zijn functies. Een dag na de arrestatie van Himmler ondertekende Alfred Jodl, als vertegenwoordiger van Dönitz, officieel de onvoorwaardelijke capitulatie van het Duitse leger en kwam aan de oorlog in Europa een eind. De leider van de SS pleegde op 23 mei in een Brits gevangenenkamp in Lüneburg zelfmoord door een gifcapsule in zijn mond kapot te bijten.
Niet alleen Himmler, maar tal van andere hoog- en laaggeplaatste SS’ers waren op de vlucht geslagen. Veel van hen vluchtten naar gebied onder controle van de westelijke geallieerden omdat ze bevreesd waren om in Sovjethanden te vallen. De Sovjets stonden niet bekend om hun humane behandeling van krijgsgevangenen en vooral SS’ers die in hun handen vielen, kregen het zwaar te verduren. De afloop van de oorlog en het verloop van hun verdere leven verliep voor elke individuele SS’er op een andere manier. Sommige SS’ers gaven zich over, werden gearresteerd of pleegden zelfmoord. Een opzienbarend aantal hooggeplaatste SS’ers kon echter ook uit handen van de geallieerden blijven en onder andere met hulp van de katholieke kerk en het Rode Kruis vluchten naar het buitenland. Veel SS’ers zouden ook geholpen zijn door Odessa (Organisation der ehemaligen SS-Angehörigen), een organisatie die opgericht was door SS’ers om zich te verenigen en elkaar bij te staan bij hun vlucht uit Europa. Over het bestaan en de rol van deze organisatie is hevig gespeculeerd en nog altijd hebben historici er moeite mee om feiten en fictie te onderscheiden. Sommige SS’ers, zoals Adolf Eichmann werden jaren later alsnog gearresteerd, maar anderen, zoals de beruchte kamparts Josef Mengele, leefden tot hun dood in vrijheid.
