Nadat de lijken opgegraven en verbrand waren, trachtten de nazi’s alle sporen uit te wissen van de drie vernietigingskampen. Allereerst werd Belzec compleet ontmanteld. “Na het nivelleren en opruimen van het gebied van het vernietigingskamp, beplantten de Duitsers het gebied met kleine dennen en vertrokken ze,” zo verklaart de Poolse omwonende Edward Luczynski. “Op dat moment werd het hele gebied uitgepluisd door de naburige bevolking die op zoek waren naar goud en kostbaarheden.” Omdat de Poolse omwonenden diverse menselijke resten opgroeven, besloot de leiding van Aktion Reinhard het terrein permanent te laten bewaken. Er werd een boerderij gebouwd waar een Oekraïnse bewaker met zijn familie permanent kon verblijven. Deze maatregel werd ook genomen na de ontmanteling van Sobibor en Treblinka.
Ondertussen waren eind juli 1943 de laatste Joodse werkkrachten vanuit Belzec overgebracht naar Sobibor waar ze vermoord werden. De laatste kampcommandant van Belzec, SS-Hauptsturmführer Gottlieb Hering, was in juni 1942 benoemd tot kampcommandant van het werkkamp in Poniatowa. Het merendeel van het overige kamppersoneel werd overgeplaatst naar Treblinka, Sobibor en Poniatowa. Aan het beplanten van het terrein was eind oktober 1943 een eind gekomen. Nadat de boerderij gebouwd was, verlieten de laatste SS’ers en Oekraïners het kamp. Eén Oekraïner bleef met zijn familie achter in de boerderij.
De deportatie en uitroeiing van Joden uit Białystok was de laatste operatie die aangevoerd was door Globocnik en zijn staf. Globocnik werd daarna gepromoveerd tot Höhere SS und Polizeiführer in het gebied rond Triest in Italië. Omdat de geallieerden inmiddels geland waren in Zuid-Italië en de hoeveelheid partizanenacties sterk was toegenomen in Noord-Italië, was hier grote behoefte aan Duitse manschappen. Globocnik verliet Lublin in september 1943 en nam een groep SS’ers, waaronder Wirth, Stangl en Reichleitner, en Oekraïense bewakers mee naar Italië. SS-Untersturmführer Kurt Franz, de plaatsvervanger van Stangl, kreeg de opdracht om Treblinka te ontmantelen op dezelfde wijze als in Belzec gebeurd was. Eind november verlieten Franz en zijn manschappen het voormalige kamp. Kort daarvoor hadden ze de laatste werkgroep van dertig Joden doodgeschoten.
Sobibor was het laatste kamp dat ontmanteld werd. Het kamp was inmiddels deels in gebruik als opslagplaats voor munitie, maar dit was van korte duur. Na de opstand van 14 oktober 1943 waren alle gevangenen die niet ontsnapt waren vermoord, zodat de opruimwerkzaamheden verricht moesten worden door een werkgroep Joden vanuit Treblinka. De opruimwerkzaamheden stopten eind november 1943 en alle overgebleven Joodse werkkrachten werden vermoord. Vanuit Triest stuurde Globocnik op 3 november 1943 een brief aan Himmler waarin hij schreef: “Ik beëindigde Aktion Reinhard, die ik aangevoerd heb in het Generalgouvernement, op 19 oktober 1943 en heb alle kampen opgeheven. […] Ondertussen heb ik de werkkampen overgedragen aan SS-Obergruppenführer Pohl. Op 30 november 1943 stuurde Himmler een antwoord aan Globocnik, waarin hij schreef: “Ik druk aan u mijn dank en mijn erkenning uit voor de grote en unieke diensten die u voor het volledige Duitse volk uitgevoerd heeft met de verrichting van Aktion Reinhard.”
In de drie vernietigingskampen van Aktion Reinhard werden naar schatting 1,7 miljoen Joden omgebracht. Tevens werd hier een onbekend aantal Polen, zigeuners en Sovjetkrijgsgevangenen vermoord. Schattingen van het aantal Joodse en niet-Joodse slachtoffers per kamp lopen enigszins uiteen. Het United States Holocaust Memorial Museum gaat uit van de volgende aantallen: +/- 435.000 Joden in Belzec, +/- 167.000 Joden en niet-Joden in Sobibor en tussen de 870.000 en 925.000 Joden en niet-Joden in Treblinka. Slechts enkele tientallen Joodse gevangenen ontsnapten uit de vernietigingskampen en overleefden de oorlog. In totaal werden door de nazi’s naar schatting 2.900.000 tot 3.100.000 Poolse Joden vermoord. Ook financieel gezien was Aktion Reinhard vanuit het perspectief van de nazi’s geslaagd. Op 5 januari 1944 stuurde Globocnik een rapport aan Himmler waarin hij een opsomming gaf van het geld, het goud en de overige kostbaarheden die gedurende de uitvoering van de operatie van de Joden afgenomen waren. Omgerekend naar Reichsmark kwam Globocnik tot een totaalbedrag van 178.745.960, 59 RM (2,50 RM was op dat moment $1,00 waard).
