De eerste grote Joodse gemeenschap die werd geporteerd als onderdeel van Aktion Reinhard kwam uit het getto van Lublin. Tussen 17 maart en 14 april 1942 werden 30.000 mensen uit dit getto naar Belzec gedeporteerd en hier in de drie gaskamers vermoord. Ook propagandaminister Joseph Goebbels was hiervan op de hoogte, want op 27 maart 1942 schreef hij in zijn dagboek: “Bij Lublin beginnend worden momenteel de Joden uit het Generalgouvernement naar het Oosten weggewerkt. Hierbij wordt een tamelijk barbaarse en niet nader te omschrijven methode aangewend, en van de Joden zelf blijft niet veel meer over. In het algemeen kan worden vastgesteld dat 60 procent van hen geliquideerd moet worden, omdat slechts 40 procent tewerkgesteld kan worden. De voormalige Gauleiter van Wenen [Odilo Globocnik], die de operatie uitvoert, doet dat met de nodige voorzichtigheid en op zo’n manier dat weinig opzien wordt gebaard. Aan de Joden wordt een straf ten uitvoer gelegd die weliswaar barbaars is, maar die ze volkomen verdiend hebben.”
Gedurende de eerste weken dat Belzec operationeel was, arriveerden ook enkele transporten vanuit andere locaties in het Lublin-district en het district Oost-Galicië. In de eerste weken van het bestaan werden in Belzec naar schatting 75.000 tot 80.000 mensen vermoord. In april stopten de deportaties en werd het kamp tijdelijk stilgelegd. In mei arriveerden echter alweer nieuwe transporten uit het Kraków-district. Inmiddels was gebleken dat de drie gaskamers waarover het kamp beschikte niet langer voldoende waren. In het midden van juni 1942 werd het kamp daarom tijdelijk weer gesloten, zodat er nieuwe gaskamers gebouwd konden worden. Op dat moment waren sinds de opening van het kamp in maart volgens een schatting van Yitzhak Arad, de schrijver van het standaardwerk “Belzec, Sobibor, Treblinka”, 93.000 Joden omgebracht in Belzec. In juli 1942 had het kamp de beschikking over zes gaskamers waar 1.5000 mensen tegelijk vergast konden worden. Vanaf dat moment kon het vernietigingskamp weer nieuwe transporten verwerken.
De eerste transporten die in Sobibor arriveerden, kwamen uit het Lublin-district, Het betrof Joden uit Polen, Tsjecho-Slowakije, Duitsland en Oostenrijk. Van mei tot eind juli 1942 werden hier, volgens Arad, ten minste 61.400 Joden vermoord. Daarna stopten de deportaties tijdelijk, vanwege reparatiewerkzaamheden aan het spoorwegtraject tussen Lublin en Chelm. In augustus arriveerden er enkele transporten met Joden uit de directe omgeving, maar verder stonden de vernietigingswerkzaamheden stil tot oktober 1942. Ondertussen was kampcommandant Franz Stangl in augustus 1942 overgeplaatst naar Treblinka en vervangen door SS-Hauptsturmführer Franz Reichleitner. Gedurende de tijdelijke stillegging van het kamp had men ook hier nieuwe gaskamers gebouwd. Toen het vernietigingsproces weer op gang kwam,had men de beschikking over zes gaskamers. De zes kamers hadden gezamenlijk een capaciteit van 1.300 of 1.600 personen.
In Treblinka werden, volgens Arad, gedurende de eerste weken na de opening, tussen 23 juli en 28 augustus 1942, ongeveer 312.500 Joden uit het Warschau-, Radom- en Lublin-district vermoord. Aanvankelijk functioneerde Treblinka volgens verwachting: dagelijks kwamen hier ongeveer 5.000 tot 7.000 mensen aan om te worden vermoord. In augustus werd dit aantal verdubbeld, waardoor het vernietigingsproces onder druk kwam te staan. Niettemin bleef kampcommandant dr. Irmfried Eberl het kamp openhouden. SS-Scharführer August Hingst, die op dat moment werkzaam was in Treblinka, verklaarde na de oorlog dat “De ambitie van dr. Eberl was om de hoogst mogelijke aantallen te halen en andere kampen voorbij te streven. Er arriveerden zoveel transporten dat het uitladen en vergassen niet langer in de hand gehouden kon worden.”
Omdat de drie gaskamers niet voldoende capaciteit hadden, werden veel Joden in de zomer van het aankomstkamp neergeschoten in plaats van vergast. Er ontstond een enorme chaos, zoals Oskar Berger, wiens transport in augustus 1942 in Treblinka arriveerde, verklaart: “Toen we uitstapten waren we getuige van een afschuwelijk tafereel: er lagen honderden lijken. Stapels zakken, kleren, koffers, alles door elkaar. SS’ers en Oekraïners stonden op de daken van de barakken en schoten willekeurig in de menigte. Mannen, vrouwen en kinderen vielen bloedend op de grond. De lucht was vervuld van gegil en gehuil.” De misleiding, die zo effectief was gebleken, werd volledig tenietgedaan, want de Joden die aankwamen wisten, meteen dat ze niet gearriveerd waren in een werk- of doorgangskamp.
Volgens SS-Unterscharführer Franz Suchomel, die sinds augustus in Treblinka werkzaam was, belde dr. Eberl uiteindelijk het hoofdkwartier in Lublin om alarm te slaan. “Hij zei: ‘Zo gaat het niet meer; ik kan het niet meer aan! Die transporten moeten stopgezet worden.’ En op een nacht kwam Wirth. Hij inspecteerde alles en vertrok meteen weer. Hij kwam terug met mensen uit Belzec. Dat waren dus specialisten in hun vak. En Wirth bereikte dat de transporten tijdelijk stopgezet werden en de lijken die overal lagen, werden opgeruimd. Dat was in de periode van de oude gaskamers. En omdat zoveel mensen bezweken en er zoveel doden waren die niet opgeruimd konden worden, bleven de lijken dagenlang liggen. Er lagen stapels lijken voor de gaskamers. Onder die lijken lag een laag vuil, wel tien centimeter dik: bloed, wormen en uitwerpselen.”Christian Wirth, de eerste kampcommandant van vernietigingskamp Belzec, was inmiddels benoemd tot inspecteur van de drie vernietigingskampen van Aktion Reinhard. Nadat Globocnik en hij naar Treblinka waren afgereisd om zich op de hoogte te stellen van de stand van zaken, werd dr. Eberl ontslagen als kampcommandant en in september 1942 vervangen voor Franz Stangl. De transporten werden gestaakt en het kamp werd opgeruimd. Stangl en Wirth beseften meteen dat het probleem in Treblinka de beperkte capaciteit van de gaskamers was. Daarom begon men in september met de bouw van een nieuwe vergassingsinstallatie. In plaats van drie gaskamers, kreeg het kamp nu de beschikking over waarschijnlijk tien gaskamers met een totale capaciteit van ruim 3.800 mensen, meer dan zes keer zoveel dan het vorige complex. De gaskamers werden in oktober 1942 weer in gebruik genomen. Stangl had ook nieuwe maatregelen genomen die de argwaan bij de aankomende Joden moest wegnemen. Bij het perron was een gebouwtje zo geschilderd dat het op een normaal spoorwegstation leek, compleet met bordjes die verwezen naar de wachtkamers. Er waren plantenbakken neergezet in het kamp en het ontvangstterrein werd schoon en ordelijk gehouden.
Dankzij de genomen maatregelen kon een chaos, zoals plaatsgevonden had, voortaan voorkomen worden. Weliswaar waren in Treblinka gemiddeld 10.000 mensen per dag omgebracht – een record dat pas verbroken zou worden in Auschwitz in 1944 –, maar de chaos bracht de continuïteit van het vernietigingsprogramma in gevaar. Tevens was het in de chaos niet mogelijk geweest om de bezittingen van de Joden op georganiseerde wijze af te nemen, te sorteren en te distribueren. De SS’ers en Oekraïners hadden bovendien waarschijnlijk misbruik gemaakt van de situatie door kostbaarheden achterover te drukken. Ook financieel gezien was het Derde Rijk dus niet gebaat bij de chaos die in Treblinka plaatsgevonden had.
