Terwijl de binnenstad van Kiev geteisterd werd door nog onverklaarbare explosies, rukte in het kielzog van de troepen van de Wehrmacht een speciale eenheid onder leiding van Paul Blobel op richting Kiev. Het betrof het Sonderkommando 4a van Einsatzgruppe C. Vier van dergelijke Einsatzgruppen waren voor aanvang van operatie Barbarossa geformeerd. Einsatzgruppe C was toegewezen aan Heeresgrüppe Süd van Gerd von Rudstedt en was onderverdeeld in de Sonderkommandos 4 en 4b en de Einsatzkommandos 5 en 6. Tot oktober 1941 stond Einsatzgruppe C onder leiding van SS-Gruppenführer Dr. Otto Rasch. De Einsatzgruppen waren voor aanvang van operatie Barbarossa in het leven geroepen door Reinhard Heydrich, de leider van het Reichssicherheitshauptamt. Hun taak was het om achter de linies van de oprukkende Wehrmacht communistische politici, partijfunctionarissen, Joden in partij- en staatsinstellingen en “saboteurs, propagandisten, guerrillastrijders, aanslagplegers en provocateurs” om te brengen. Aangezien het bolsjewisme volgens de nazi’s een Joods complot was, werden Joden beschouwd als volksvijand nummer één. De Einsatzgruppen richtten zich daarom in grote mate op de vernietiging van de Joden en werden daarmee een belangrijk middel ter uitvoering van de Endlösung der Judenfrage, de eindoplossing van de Joodse kwestie waarover Heydrich op 31 juli 1941 van Hermann Göring de verantwoordelijkheid had gekregen.
Voordat Sonderkommando 4a in Kiev arriveerde, hadden Einsatzgruppen al vele Joden vermoord, zoals in de regio Bessarabië waar van 1 juli tot 31 augustus 1941 150.000 tot 160.000 Joden waren vermoord door Einsatzgruppe D in samenwerking met troepen van de Wehrmacht en een Roemeense eenheid. Een ander voorbeeld van een dergelijke massa-executie van Joden vond plaats op 27 en 28 augustus 1941 in Kamenets-Podolski. Onder aanvoering van SS-Obergruppenführer Friedrich Jeckeln, de Höhere SS und Polizeiführer “Rußland-Süd” (Oekraïne), werden hier 23.600 Joden vermoord. Na deze massamoord in Kamenets-Podolski was Jeckeln, naast Paul Blobel en Otto Rasch, verantwoordelijk voor de massamoord in Babi Jar.
Vanuit Zhitomir trok Blobels Sonderkommando 4a op richting Kiev, samen met twee eenheden van het Polizei-Regiment Süd en Oekraïnse vrijwilligers. Zijn Vorkommando van vijftig man arriveerde in Kiev op 19 september, tegelijk met de troepen van de Wehrmacht. Blobel zelf arriveerde op 24 september en de staf van Einsatzgruppe C een dag later. Tussen de dag van zijn aankomst en 28 september rapporteerde hij over de explosies en de branden in de stad. “Brand in het centrum van de stad”, zo meldde hij in telegramstijl. “Zeer waardevolle gebouwen verwoest. Tot dusver, brandweer praktisch zonder succes. Destructie door ontploffingen worden uitgevoerd om het vuur onder controle te krijgen. […] Tot nu toe 670 mijnen ontdekt in de gebouwen, volgens een plattegrond met de locaties van mijnen die gevonden werd: alle openbare gebouwen en pleinen zijn ondermijnd. […] Gebouwen worden uiterst ijverig doorzocht. […] In het Leninmuseum, 1.000 pond dynamiet ontdekt die tot detonatie gebracht moesten worden met radio.”
In een uitvoeriger rapport van een week later meldde Blobel dat er “in Kiev een rood sabotagebataljon aanwezig [was], net als meerdere leden van de NKVD en de communistische partij die de opdracht hebben om voortdurend sabotageacties te plegen.” Of hiervan daadwerkelijk sprake was, valt serieus te betwijfelen, aangezien men later, zoals eerder beschreven, tot de ontdekking kwam dat de explosieven nog voor de verovering van de stad geplaatst waren en dat ze tot ontploffing gebracht werden via radiogolven. Na een gesprek met Otto Rasch, de commandant van Einsatzgruppe C, wist Blobel wat hem te doen stond. De Joden moesten boeten voor de sabotageactie die de Duitse troepen ondervonden in Kiev. “Zoals bewezen, speelden Joden een bijzondere rol [in de sabotageactie]”, zo beweerde Blobel. Tenminste 50.000 van hen moesten geëxecuteerd worden. Dat er helemaal geen concreet bewijs was voor de betrokkenheid van de Joodse gemeenschap bij de sabotageactie deed niet ter zake. De ontstane chaos in Kiev was voor de nazi’s enkel naar de buitenwereld toe een aanleiding voor de geplande massamoord. Ook zonder de problemen in Kiev zouden de Joden hier namelijk omgebracht zijn, net zoals op vele locaties in de Sovjet-Unie daarvoor al gebeurd was. In werkelijkheid was de voorgenomen executie dus helemaal geen wraakactie, maar een vervroeging van de executie.
