Nadat Hr. Ms. K XIV, Hr. Ms. K XV en Hr. Ms. O 19 uit Colombo waren vertrokken om afgelost te worden door Hr. Ms. O 21, Hr. Ms. O 23 en Hr. Ms. O 24 drong vice-admiraal Helfrich er bij de commandant van de Eastern Fleet op aan Hr. Ms. Colombia weer naar Colombo te zenden. Hij argumenteerde dat de Colombia niet alleen nodig zou zijn om de drie laatstgenoemde O-boten te faciliteren, maar er bestond ook een zeer grote kans dat het Nederlandse logementschip Hr. Ms. Plancius, dat nog in Colombo lag, naar Fremantle in West-Australië gezonden zou worden. De Koninklijke Marine zou dan helemaal geen logementschip meer hebben in Colombo. Admiral Sommerville stemde in, maar voordat het Nederlandse schip de reis naar Colombo kon maken moest zij eerst voor groot onderhoud naar Simonstown bij Kaapstad waar zich een droogdok bevond dat de Colombia kon opnemen.
Omdat tussen 11 en 17 februari 1943 al vier geallieerde koopvaardijschepen door Duitse onderzeeboten tot zinken waren gebracht in Zuid-Afrikaanse wateren zou Hr. Ms. Colombia tijdens de korte reis een behoorlijk escorte nodig hebben. De Britse opperbevelhebber in het zuidelijke Atlantische gebied, Vice Admiral Sir Campbell Tait, beschikte op dat moment echter over heel weinig escortevaartuigen omdat er niet minder dan zeven konvooien onderweg waren in zijn gebied. Toch ontving commandant Hoeke op 20 februari een bericht van Tait dat Hr. Ms. Colombia van 2 tot 6 maart in Simonstown kon dokken. Het Britse Flower-class korvet HMS Genista (K 200) zou op 24 februari in East-London aankomen en de Colombia escorteren.
Op 25 februari vond aan boord van Hr. Ms. Colombia een bespreking plaats tussen de commandanten van de Colombia en de Genista en de Britse marinecommandant van East-London. Zij kwamen overeen om ongeveer tien zeemijlen uit de wal te blijven en zich via Port Elizabeth en Mosselbaai naar hun bestemming te begeven. De marinecommandant van East-London zou er voor zorgen dat het kleine konvooi vanuit de lucht beschermd zou worden door enkele vliegtuigen van de Royal Air Force (RAF) en dat Vice Admiral Tait op de hoogte gebracht zou worden van de nemen route. Op 27 februari om 07:00 uur vertrokken Hr. Ms. Colombia en HMS Genista uit East-London en zetten een zigzag koers in, in zuidwestelijke richting waarbij de Genista 900 meter voor de Colombia uitging. Om 09:15 uur ontving men aan boord van beide schepen het bericht dat een toestel van de RAF een onderzeeboot had gezien, die ongeveer 38 mijl van het kleine konvooi verwijderd was en in een snelduik was verdwenen. Aan boord van de Colombia werd uitgerekend dat de onderzeeboot mogelijk rond 01:00 uur een kans had om aan te vallen. Commandant Hoeke had natuurlijk kunnen terugkeren naar East-London, maar hield zijn koers aan omdat hij zich voldoende beschermd voelde door de aanwezigheid van de Genista en de vliegtuigen. Bovendien achtte Hoeke het zeer waarschijnlijk dat er zich meerdere vijandelijke onderzeeboten in de nabijheid ophielden waardoor een eventuele koerswijziging weinig nut had.
De Duitse U-boot U 516, onder commando van Korvettenkapitän Gerhard Wiebe, was op 23 december 1942 vertrokken uit Lorient, de Duitse U-bootbasis aan de zuidkust van Bretagne. U 516 behoorde tot een flottielje van vijf U-boten aangeduid als Gruppe Seehund en bestond verder uit U 160, U 506, U 509 en U 182. Gruppe Seehund werd eind `42 naar het zeegebied rond Kaap de Goede Hoop gezonden waar een druk scheepvaartverkeer gaande was. U 516 kreeg de kustwateren tussen Port Elizabeth en East-London als patrouillegebied toegewezen. In de nacht van 9 op 10 februari arriveerde Wiebe voor de kust van Port Elizabeth. De vuurtoren van Kaap St. Francis, 30 mijl ten zuidwesten van deze haven, brandde als in vredestijd terwijl de lichten van Port Elizabeth duidelijk zichtbaar waren in de nacht. Vier vliegtuigen, met brandende navigatielichten, cirkelden rond boven de havenstad. Hoewel de Britten, door hun uitstekende inlichtingennetwerk, op de hoogte waren van de aanwezigheid van de Duitse onderzeeboten in de Zuid-Afrikaanse wateren, hadden zij vooralsnog verzuimd om defensieve maatregelen te treffen.
In de vroege morgen van 11 februari boekte Wiebe zijn eerste succes door het alleen varende Britse koopvaardijschip Helmspey van 4.764 ton te torpederen. Het duurde tot 17 februari voor hij een volgend slachtoffer kon maken: de Amerikaanse Deer Lodge van 6.187 ton. Op 26 februari bevond de U 516 zich `s avonds voor East-London, dat helder verlicht was, maar rond 21:00 uur werd de stad plotseling verduisterd en was de bemanning van de boven water varende U-boot getuige van een oefening met zoeklichten. Toen het de volgende morgen licht werd ging de U 516 onder water. Om 10:00 uur kwam de Duitse onderzeeboot tot op periscoopdiepte en zag Wiebe op zeven mijl afstand een zigzaggend schip dat vooraf gegaan werd door een korvet. “Het naderende schip lag hoog op het water en was naar schatting 10.000 ton” schreef Wiebe in zijn logboek. Om 11:38 uur had hij zijn U-boot in de juiste lanceerpositie gemanoeuvreerd en vuurde, op een afstand van ongeveer 1.500 meter een gespreid salvo van drie torpedo`s af.
Het was nog net geen kwart voor twaalf toen Hr. Ms. Colombia aan stuurboord, ter hoogte van ruim II door een torpedo getroffen werd. De bemanning nam een enorme waterzuil waar en stukken hout vlogen door de lucht en kwamen bovenop de brug en de dekken terecht. Alle waterdichte deuren werden meteen gesloten, maar al snel bleek dat de Colombia reddeloos verloren was. Commandant Hoeke gaf het bevel “schip verlaten” en sprong als laatste bemanningslid overboord toen de brug gelijk stond met het wateroppervlak. De bemanning was intussen op een zeer gedisciplineerde wijze in de sloepen gegaan. Een minuut later stond het schip verticaal, het achterschip hoog in de lucht, roer en schroeven staken 25 meter boven het water uit. Om 11:55 uur verdween Hr. Ms. Colombia onder de zeespiegel. De M 73 en de M 74 verdwenen met de Colombia naar de zeebodem voor de Zuid-Afrikaanse kust.
HMS Genista ging meteen nadat de Colombia getroffen was, met hoge vaart op de U-boot af maar deze verdween meteen onder water. Om 11:44 uur viel de eerste dieptebom en twee minuten later volgden er nog twee. Om 11:56 uur kon men in de U-boot duidelijk de geluiden horen van het zinken van de Colombia en het breken van haar waterdichte schotten. De bemanning van de U 516 volgde nog een kwartier de bewegingen van de Genista, maar het korvet zette de jacht op de Duitse onderzeeboot niet lang door en begon zich om de bemanning van de Colombia in de sloepen te bekommeren. Terwijl Wiebe in oostelijke richting verdween nam de Genista het leeuwendeel van de bemanning van Hr. Ms. Colombia aan boord. De overigen werden aan boord genomen van een toegesnelde reddingsboot van de RAF. Om ongeveer 20:00 uur waren alle drenkelingen terug in East London en werd appel gehouden. Er bleken acht bemanningsleden te ontbreken. De overlevenden waren hiervan diep onder de indruk omdat zij allemaal dachten dat iedereen veilig van boord was geraakt.
