Hr. Ms. Kortenaer werd op 2 februari eveneens ingedeeld bij het aanvalseskader van Schout bij Nacht Doorman. De torpedobootjager ontliep op 19 februari de Slag in Straat Badoeng omdat zij bij het verlaten van de haven van Tjilatjap aan de grond liep en schade aan het roer opliep.
Op 26 februari werd aan de opperbevelhebber van de geallieerde zeestrijdkrachten, Admiraal Conrad Helfrich, doorgegeven dat er twee Japanse konvooien onderweg waren richting Java. In totaal waren er 97 Japanse schepen voor troepenvervoer begeleid door sterke vlooteenheden bestaande uit kruisers en torpedobootjagers. Eén van de konvooien werd bij Malakka gesignaleerd en het andere in Straat Makassar. Het Japanse invasieleger aan boord van de schepen zou te sterk zijn voor de verdediging van Java en de enige hoop lag in de vernietiging van de konvooien. Admiraal Helfrich vormde hiertoe twee formaties. De Eastern Striking Force en de Western Striking Force.
Op 27 februari werd de Eastern Striking Force er op uit gestuurd om het Japanse konvooi te onderscheppen dat vanuit Straat Makassar richting Soerabaja opstoomde. Het Geallieerde eskader bestond op dat moment uit de zware kruisers HMS Exeter en de USS Houston, de lichte kruisers HMAS Perth, Hr.Ms. De Ruyter (Doorman`s vlaggenschip) en Hr. Ms. Java begeleid door drie Britse, vier Amerikaanse en de Nederlandse torpedobootjagers Kortenaer en Witte de With.
Het geallieerde eskader was sterk in het nadeel ten opzichte van de Japanners die over de zware kruisers Nachi en Haguro, de lichte kruisers Naka en Jintsu en 13 torpedobootjagers beschikten. De Japanners konden gebruik maken van twintig 20cm kanonnen tegenover het geallieerde aantal van 12 (de achterste toren van de Houston was uitgeschakeld door een eerdere luchtaanval). Verder beschikte Schout bij Nacht Doorman over geen enkele steun vanuit de lucht terwijl de vijand ruimschoots de beschikking had over verkenningsvliegtuigen. Bovendien hadden de geallieerden geen eigen uitgewerkte seincode wat vaak tot communicatiestoornissen zou leiden. Als laatste waren de bemanningen van de Allied Striking Force de uitputting nabij door de onafgebroken acties van de afgelopen weken.
Omstreeks 16:15 uur werd het eerste contact gemaakt tussen de geallieerde oorlogsschepen en de Japanse begeleidingsschepen onder bevel van Schout bij Nacht Nishimura. Een artillerieduel volgde waarbij de Exeter om 17:08 uur getroffen werd in de machinekamer door een 20cm granaat. Het kreupele schip keerde terug naar Soerabaja onder begeleiding van Hr. Ms. Witte de With.
In de verwarring die het treffen en wegdraaien van de Exeter met zich mee bracht vuurden de Japanners niet minder dan 68 torpedo`s af op de geallieerde schepen. De meeste konden worden ontweken maar één trof om 17:15 uur Hr. Ms. Kortenaer in de midscheeps waardoor het schip in tweeën brak en zeer snel zonk. Van de 149 opvarenden kwamen er 59 om het leven. De commandant van de Kortenaer, LTZ 1 Kroese had de overlevenden op hun reddingsvlotten georganiseerd en alle vlotten aan elkaar laten knopen. `s Avonds om kwart over tien passeerden de restanten van de Eastern Striking Force de plek waar de Nederlandse torpedobootjager ten onder was gegaan. De enige overgebleven jager van het eskader, HMS Encounter, kreeg de opdracht de overlevenden op te pikken en naar Soerabaja te brengen.
Met de resterende vier kruisers ging Schout bij Nacht Doorman weer tot de aanval over. Omstreeks twintig over elf die avond deden de zware Japanse kruisers weer een torpedoaanval op de geallieerde kruisers. Hierbij werden Hr.Ms. De Ruyter en Hr. Ms. Java beide fataal getroffen. De zware Amerikaanse kruiser Houston en de lichte kruiser Perth weken uit naar Tandjong Priok. De oostelijke helft van Java lag nu open voor het Japanse invasieleger.